Leagues and Clubs of Slovakia1999/00
Super Liga (1. League)
- 1. Inter Bratislava
- 2. 1.FC Košice
- 3. Slovan Bratislava
- 4. Spartak Trnava
- 5. Ozeta Dukla Trenčín
- 6. Tatran Prešov
- 7. MŠK Ružomberok
- 8. MŠK Žilina
- 9. Artmedia Petržalka
- 10. Koba Senec
- 11. ZŤS Dubnica nad Váhom
- 12. HFC Humenné
- 13. FC Nitra
- 14. DAC Dunajská Streda
- 15. Dukla Banská Bystrica
- 16. Baník Prievidza
2. Liga (2. League)
- 1. Matador Púchov
- 2. NCHZ Nováky
- 3. Železiarne Podbrezová
- 4. Steel Trans Ličartovce
- 5. FC Rimavská Sobota
- 6. JAS Bardejov
- 7. ŠKP Devín
- 8. SH Senica
- 9. ZSNP Žiar nad Hronom
- 10. Slovan Bratislava B
- 11. Slovan Levice
- 12. Inter Bratislava B
- 13. Tesla Stropkov
- 14. FKM Nové Zámky
- 15. Slovan Duslo Šaľa
- 16. PFK Piešťany
- 17. Lokomotiva Košice
3. Liga (3. League)
- Calex Zlaté Moravce
- FK Čadca
- Iskra Matador Bratislava
- Juhcelpap Štúrovo
- KFC Komárno
- Kinex Bytča
- LAFC Lučenec
- MFK Rožňava
- MFK Vrbové
- MŠK Námestovo
- MŠK Žilina B
- Odeva Lipany
- OŠK Slovenský Grob
- Považan Nové Mesto nad Váhom
- PŠC Pezinok
- Rapid Bratislava
- ŠK Svätý Jur
- Slavoj Trebišov
- Slovan Hlohovec
- Spartak Bánovce nad Bebravou
- Spartak Myjava
- Tatran Liptovský Mikuláš
- Tatran Prešov B
- VTJ Topoľčany
- Zemplín Michalovce
- Žižka Malacky
- ZŤS Martin
unkown
- Agro Hurbanovo
- Baník Handlová
- Baník Veľký Krtíš
- Dukla Banská Bystrica B
- Dynamo Dolný Kubín
- FC Vrútky
- FK Brezno
- FK Rakytovce
- Horses Šúrovce
- LB Zvolen
- MŠK Kysucké Nové Mesto
- Pivovar Veľký Šariš
- Pokrok SEZ Krompachy
- SFM Senec
- Sitno Banská Štiavnica
- SK Tomášov
- ŠKF Sereď
- Slovan Galanta
- ŠM Gabčíkovo
- Spartak Trnava B
- Spartak Vráble
- TJ Trnávka
- TTS Trenčín
