Leagues and Clubs of Slovakia1998/99
Super Liga (1. League)
- 1. Slovan Bratislava
- 2. Inter Bratislava
- 3. Spartak Trnava
- 4. 1.FC Košice
- 5. Ozeta Dukla Trenčín
- 6. MŠK Žilina
- 7. MŠK Ružomberok
- 8. Tatran Prešov
- 9. Artmedia Petržalka
- 10. HFC Humenné
- 11. Dukla Banská Bystrica
- 12. FC Nitra
- 13. ZŤS Dubnica nad Váhom
- 14. Baník Prievidza
- 15. FC Rimavská Sobota
- 16. JAS Bardejov
2. Liga (2. League)
- 1. DAC Dunajská Streda
- 2. Koba Senec
- 3. ŠKP Devín
- 4. Matador Púchov
- 5. Slovan Bratislava B
- 6. PFK Piešťany
- 7. Železiarne Podbrezová
- 8. Steel Trans Ličartovce
- 9. NCHZ Nováky
- 10. Tesla Stropkov
- 11. Slovan Levice
- 12. Lokomotiva Košice
- 13. Slovan Duslo Šaľa
- 14. FKM Nové Zámky
- 15. Slovmag Jelšava
- 16. Slavoj Trebišov
- 17. Zemplín Michalovce
3. Liga (3. League)
- Agro Hurbanovo
- Calex Zlaté Moravce
- FK Čadca
- Inter Bratislava B
- Iskra Matador Bratislava
- Juhcelpap Štúrovo
- KFC Komárno
- Kinex Bytča
- LAFC Lučenec
- LB Zvolen
- MFK Rožňava
- MFK Vrbové
- MŠK Námestovo
- Odeva Lipany
- OŠK Slovenský Grob
- Pokrok SEZ Krompachy
- Považan Nové Mesto nad Váhom
- Rapid Bratislava
- SH Senica
- Sitno Banská Štiavnica
- ŠK Svätý Jur
- SK Tomášov
- Slovan Hlohovec
- ŠM Gabčíkovo
- Spartak Bánovce nad Bebravou
- Spartak Myjava
- Tatran Liptovský Mikuláš
- Tatran Prešov B
- VTJ Topoľčany
- Žižka Malacky
- ZSNP Žiar nad Hronom
- ZŤS Martin
